1. 依工廠管理輔導法第28-1條規定，經發局對於105年5月20日以後新增之未登記工廠，應即依法停止供電、供水及拆除。

2. 依工廠管理輔導法第28-1條第1款規定，非屬低污染之既有未登記工廠，應訂定輔導期限，輔導業者轉型、遷廠或關廠。其拒不配合者，應依法停止供電、供水、拆除。

3. 次依工廠管理輔導法第28條之5、第28條之6及第28條之7第3項規定，下列工廠得向經發局申請特定工廠登記：
(1)低污染之既有未登記工廠，應於111年3月19日前自行或於經發局通知後，申請納管，並於112年3月19日前提出工廠改善計畫，依核定之工廠改善計畫完成改善者。
(2)曾補辦臨時登記之工廠，在原臨時登記事項範圍內，得於111年3月19日前向經發局申請特定工廠登記。

4. 再依特定工廠登記辦法第15條第1項規定，申請人依核定之工廠改善計畫完成改善後，應提出特定工廠登記申請書，檢附下列文件，向經發局申請特定工廠登記：「一、屬低污染事業且為環保法令管制之事業種類、範圍及規模者，應依環境影響評估、水污染防治、空氣污染 防制、廢棄物清理、毒性及關注化學物質管理法、土壤及地下水污染整治法(以下簡稱土污法)或其他環保 法令管制之類別，分別檢附環境保護主管機關出具之各項核准或許可證明文件。…四、廢污水排放許可或同意文件。」

5. 又特定工廠登記辦法第18條規定，經補辦臨時登記之工廠屬低污染事業，且非屬經濟部及經發局公告不宜設立工廠者，向經發局申請特定工廠登記請時，申請人應檢附下列文件：「…三、屬土污法第九條公告事業者，檢具土壤污染評估調查及檢測資料。但其產業類別、運作或營業用地範圍未 有變更者，得檢附證明文件，申請免採樣檢測。」。

6. 而依特定工廠登記辦法第19條規定，經補辦臨時登記之工廠非屬低污染事業，且非屬經濟部及經發局公告不宜設立之工廠者，在原臨時登記事項範圍內，向經發局申請特定工廠登記。該申請案，經發局得會同本局、農業及相關機關於三個月內實地勘查。如需改善者，經發局會以書面通知申請人於3個月內改善完成，並副知經濟部協助提供污染防治技術輔導。申請人改善完成，應檢附相關文件或說明提送經發局。經發局應召集環保署、經濟部、本局、農業等機關，必要時得邀集農田水利會，組成專案審查小組，在原臨時登記事項範圍內，依審查基準實地勘查認定。

7. 綜上，低污染之既有未登記工廠、曾補辦臨時登記之工廠屬低污染事業須向本局辦理特定工廠登記申請環保證明文件。而曾補辦臨時登記之工廠非屬低污染事業請洽經濟部辦理特定工廠登記辦法第19條規定事項，及向本局辦理特定工廠登記申請環保證明文件。