新北市政府環境保護局（以下簡稱本局）置局長、副局長二人、主任秘書、專門委員、簡任技正，依業務設綜合規劃科、空氣品質維護科、水質保護科、環境衛生管理科、循環資源科、環境庶務科、清潔維護科、事業廢棄物管理科、環境檢驗科、廢棄物處理規劃科、環保稽查科、低碳社區發展中心、新店垃圾焚化廠、樹林垃圾焚化廠、八里垃圾焚化廠、八里垃圾掩埋場、28區清潔隊+1直屬隊、秘書室、人事室、會計室、政風室。