臺美生態學校之認證係由校方及學生自主辦理，並向環境部申請認證，依等第共分綠旗、銀牌與銅牌。最高榮譽獎項為綠旗，認證時必須由生態學校審查委員到校進行評估審查，且獲得綠旗後每2年需更新一次。當學校獲得第四面綠旗，即被視為永久性的生態學校，銀牌與銅牌則為一次認證永久有效。

生態學校運作的基本原理為透過由學校的學生、經營者、教育人員與社區志工組成的行動團隊，整合有效的「綠色」管理，學校透過親師生組織生態團隊及執行生態學校7大步驟，以節約能源、省水、廢棄物減量等方案，達到保護資源、節省經費、提升家長參與及結合社區發展之目標，並啟發學生獨立思考、主動發現環境問題並嘗試解決的能力，將永續發展理念深植於學校經營與課程中，目前共有12種認證途徑。

臺美生態學校認證是對學校在環境教育及生態保護方面的優異表現的一種肯定，能夠促使學校在校園內外落實生態與環境教育。截至目前，全國僅有34所學校獲得綠旗認證，其中本市就佔有7所，充分展現本市在推動環境教育歷程中，學校教育與國際接軌的成果與重要性。這些學校包括三峽區建安國小、八里區米倉國小、樹林區山佳國小、萬里區崁腳國小、萬里區萬里國小、新莊區新泰國小和淡水區新市國小。
在114年度，本局補助15所學校進行生態學校認證並推動相關活動，並聘請專家學者為新申請認證學校提供輔導，這不僅有助於學校深入理解生態學校的核心價值，還能夠挖掘出各校的特色與優勢，透過辦理臺美生態學校工作坊，參與學校能夠交流經驗，並且前往綠旗認證學校觀摩學習，進一步了解生態學校的實際運作方式和機制。臺美生態學校夥伴網址(https://ecocampus.moenv.gov.tw/)